После добавления директорий или файлов в файл .gitignore для удаления их из индекса Git нужно выполнить следующие команды:
git rm -r --cached .
git add .
git commit -m ".gitignore fix"
git add .
git commit -m ".gitignore fix"
Подробное объяснение указанных выше команд - в статье http://www.codeblocq.com/2016/01/Untrack-files-already-added-to-git-repository-based-on-gitignore/.